如果不是观众看过电影的前半段，否则他们也会认为詹姆斯是在电影里大放阙词。很多观众已经在心底诅咒那些不干人事的警察和医生，人家是来拯救地球的，你却认为人家是疯子！按这个逻辑，超人和蝙蝠侠早就该被送到地狱去了吧？可惜观众们的诅咒心声没有任何用，杰德不仅被送进了疯人院还成了疯人院里重点看护对象。
因为他不仅疯狂，还具有极强的破坏力和毁灭心理。在精神科医师看来，动不动就跟人说未来人类只有10活了下来，而且还是在地底下苟延残喘。谁相信？医师一边听詹姆斯的倾诉，嘴角一边浮现嘲讽的笑容。这种重度精神病人关在疯人院自生自灭就好了，何必没事还要听他们的诉说？
不仅医师不耐烦詹姆斯的话，连大部分的精神病人也觉得詹姆斯很特别，唯一对詹姆斯的话有兴趣的是一个叫杰弗里的年轻人。杰弗里一直是疯人院里的公认的悲剧，因为他是被他的亲生父亲送到这里来的。据说杰弗里是一个动物保护主义者，而且还是相当极端的那种。但是偏偏他的父亲是一个传染病学家，他最常做的事情就是动物实验，这让杰弗里无法接受。
于是他试图放火烧毁他父亲的实验室，但很不幸被他的父亲发现了。在父子沟通失败之后，杰弗里被他父亲以“重度纵火癖”和“极具毁灭性质的报复心理障碍”等理由送进了疯人院。但是杰弗里却成詹姆斯最好的倾诉伙伴，因为他相信詹姆斯所描述的未来是存在的。杰弗里甚至还告诉詹姆斯，他的父亲正在研制一种很特别的病毒抗体。
但为了获得这种抗体，那么首先要培养出那种病毒来。听到杰弗里侃侃而谈，詹姆斯忽然意识到，杰弗里的父亲极有可能就是那个瘟疫病毒的发现者。不管詹姆斯此时如何看待杰弗里，杰弗里已经将詹姆斯视为了“同志”。为了帮助这个来自未来的“同志”逃离疯人院去继续他的人物，杰弗里想尽办法帮助了詹姆斯逃离疯人院。不过詹姆斯逃离疯人院之后没多久，很快就未来的人给抓了回去。
“这是我见过最愚蠢的任务！”詹姆斯一看到科学家就嘲讽道，“是谁跟我说任务绝对不会出问题的？为什么我没有出现在1996年的费城而是在1990年的巴尔的摩？”
科学家脸色有些难看，因为不仅詹姆斯在愤怒，大人物和军队也在愤怒。久困于地下的人类其实在各种物资方面的配给是非常有限的，而时空旅行者一开启就要耗费大量的能源和资源。“我保证，下一次的穿越一定不会出问题。——但是这个人，留下来就没有任何意义了，他的探索任务已经完成了。”科学家冷笑道。他现在一肚子火，自然巴不得詹姆斯去死。
“你保证这次就一定不会出错？”詹姆斯立刻明白了科学家打算剥夺自己的存在价值，所以立刻强调起自己的能力来。“上一次就送我到1990年的巴尔的摩，这次你就能保证一定是1996年的费城，而不是什么1992年的迈阿密或者1998年的洛杉矶？”
“继续让他执行任务，他比我们任何人都有经验。”很快大人物就拍板了。
科学家虽然不爽，但还是安排詹姆斯继续进入时空旅行者。这一次，科学家还是非常靠谱地将詹姆斯送到了1996年的费城，距离瘟疫爆发还有几个月。这个时候詹姆斯忽然觉得自己不应该太自私了，既然自己有了能力，为什么不想办法解决这个人类的最大麻烦？不过让詹姆斯有些奇怪的是，他在这里发现了一个极端的动物保护组织——12只猴子军团。
他们反对所有动物实验，无论是美容产业还是医疗产业。他们会用非常恐怖的手段针对动物实验，时不时就有科学家被杀害，实验室被烧毁的消息传出来。让詹姆斯不解的是，这个保护组织的某些理论居然和自己不谋而合。詹姆斯的脑海里浮现出了一个名字，杰弗里。于是詹姆斯开始调查期12只猴子军团和杰弗里有什么关系，因为在后世，12只猴子军团可是大名鼎鼎。
因为正是12只猴子军团的极端动物保护主义，将一个传染病研究院的实验猴子释放出来，导致致死瘟疫在全球蔓延开来。更让人无法接受的是，他们还杀死了所有的研究人员并焚毁了实验室，根据知情人士说，实验室其实已经快要研究出疫苗来了。可以说，这些动物极端保护主义者打开了潘多拉的魔盒，却将希望给抹杀掉了。
接下去的情节便是詹姆斯调查12只猴子军团的故事，同时詹姆斯还遇到了当年和自己有过数面之缘的精神病师凯瑟琳。不过凯瑟琳已经不认识詹姆斯了，因为她还以为詹姆斯还在疯人院里。和其他医师不同的是，凯瑟琳对詹姆斯还是有所同情的。也是因为这个同情，让詹姆斯觉得地球还是有一些值得自己留念的东西，人类的确不应该毁灭。
在和凯瑟琳的相处当中，詹姆斯对人类的留恋之情也就越来越多，他开始很主动地想办法去阻止悲剧的发生。而让詹姆斯高兴的是，他很成功地阻止了梦境中曾经看到过的病毒泄漏事件。但是一个助手偷偷摸摸地离开，和女科学家的忽然到访似乎有暗示了什么。就在大家因为电影剧情还要继续往下发展的时候，故事到这里戛然而止……
“这到底在讲什么？”影评人顿时发现自己的智商不够用了。因为他们无法指责杰德没有将故事拍完整，按照情节来说，杰德完成了整个故事